LCA一直以站在全球视角，全面反映环境问题著称，但在研究有机农业学者的眼里，LCA还存在一些局限性，很多因素不能很好的考虑，比如土地退化、生物多样性损失、农药影响、动物保护等，因此本文作者认为LCA结果并不能全面反映有机农业的优势。除农业外，LCA在某些其他领域也有一些值得改进的地方，这需要全球同行共同努力去完善，以提高LCA的适用性和结果的可靠性。
农业活动与粮食生产对环境的影响广受人们关注与讨论。针对传统农业与有机农业对环境的影响的对比研究层出不穷。生命周期评估（LCA）是评估农产品对环境影响最常用的方法。
1、土地退化：目前的大多数研究常忽略有机农业的土地管理方式、农药残留等对土壤质量的影响。这主要由于没有一个土地质量评估模型能够同时满足科学稳健性、利益相关者接受程度、可复制性和模型适用性等方面的标准。人们经常需要在影响过程的相关性和模型的适用性之间进行权衡。
2、生物多样性损失：LCA对生物多样性评价的影响仅建议用于识别产品系统内的热点，而不是用于比较产品或生产系统。因此，该模型不能用于区分常规农业和有机农业。
3、农药影响：农药毒性对环境的危害还没有完全搞清楚，因此这些影响往往被低估。此外，由于缺乏农药的毒性数据，评估LCA中的毒性效果也受到限制。因此，基于LCA的常规农业和有机农业毒性效应的比较仍然存在较大的不确定性。
LCA评价农业系统的建议：
1、评价土地退化、生物多样性和农药影响等，需要选取最适合的方法进行评估。
2、同时使用基于产品和土地面积的功能单元。
3、用其他框架（如生态系统服务框架）补充LCA，以更全面地分析农业系统的功能。
4、认真考虑农作方式以及当地的土壤，气候和生态系统特征。
5、在研究农业生态系统的间接影响时，不要仅考虑间接土地利用变化。
6、如果包括间接影响，由于不确定性很高，应详细解释结果。
